Javier Pemán es licenciado en Medicina y Cirugía por la Universidad Complutense de Madrid en 1981 y doctor por la Universidad de Valencia en 1991, especialista en Microbiología y Parasitología desde 1991 y Master Internacional en Enfermedades Parasitarias Tropicales por la Universidad de Valencia en 1994.
Ha ejercido como Médico de Asistencia Pública Domiciliaria, con plaza en propiedad, entre los años 1983 y 1988, y como responsable de la Unidad de Micología y Parasitología del Servicio de Microbiología, desde 1995 hasta la actualidad, en el Hospital Universitario La Fe (Valencia).
Su actividad profesional se centra en el campo de la Micología Médica, siendo organizador y profesor del Curso Anual Teórico-Práctico de Sensibilidad a los Antifúngicos, y del Curso Teórico-Práctico Básico de Identificación de Hongos Filamentosos, auspiciado por la Asociación Española de Micología y la Fundación Micellium.
Ponente en multitud de foros y congresos, ha impartido más de cien conferencias y participado en la redacción de más 20 libros entre los que destacan la Guía Práctica de Identificación y Diagnóstico en Micología Clínica, y la Aproximación Clínico-Diagnóstica de la Enfermedad Fúngica Invasora (recientemente distribuida por la Fundación Micellium).
En su tarea investigadora destacan las cinco Tesis Doctorales dirigidas y las 249 publicaciones científicas indexadas, 134 de ellas en revistas internacionales. Ha sido investigador principal en varios proyectos multicéntricos de investigación nacionales y europeos y actualmente, es el investigador principal del Grupo de Investigación, Multidisciplinar “Infección Grave” en el Instituto de Investigación Sanitaria La Fe.